Quintianus ordonna alors qu’Agatha soit soumise à une série de railleries et d’insultes, puis ordonna qu’elle soit torturée. Ses bourreaux, dans un accès de folie, lui coupèrent les seins. Une certaine hagiographie conserve ses paroles face à tant de méchanceté : « Cruel tyran, n’as-tu pas honte de torturer chez une femme le même sein qui t’a nourri enfant ?
La tradition raconte qu’Agathe a miraculeusement survécu aux horreurs et aux cruautés commises contre elle, et pendant la nuit, alors qu’elle se vidait de son sang, l’apôtre saint Pierre lui est apparu pour panser ses blessures et l’encourager à rester ferme.
A l’aube, lorsque les gardes se rendirent compte que la femme était rétablie, les bourreaux reprirent les tortures et Agatha abandonna la vie. C’était le cinquième jour du deuxième mois de l’an 251.
Un an après le martyre de Sainte Agathe, le volcan Etna est entré en éruption. La lave qui s’est répandue le long des pentes du volcan a menacé de détruire Catane. Alors, certains de ses habitants qui se souvenaient de la jeune martyre lui demandèrent son intercession pour arrêter la fureur de la nature.
Miraculeusement, la mer de roches et de cendres brûlantes qui commençait à se déplacer n’atteignit jamais la ville. En remerciement, Catane et d’autres villes environnantes ont choisi Agathe comme sainte patronne.
Aujourd’hui, les fidèles de Sainte Agathe lui demandent d’intercéder pour les femmes qui ont des accouchements compliqués ou des problèmes de lactation. Elle est également invoquée par celles qui souffrent de maladies des seins. Elle est considérée comme la protectrice des femmes et la patronne des infirmières.